佳木斯市纪委监委组织机构包括：内设职能部门、直属事业单位和派驻纪检监察组。内设职能部门具体为：办公室、组织部、宣传部、政策法规研究室、党风政风监督室、信访室、案件监督管理室、第一、二、三、四、五、六监督检查室、第七、八、九、十、十一、十二审查调查室、案件审理室、纪检监察干部监督室、信息技术保障室、机关党委。
此外，设有电化教育中心、廉政教育中心、案件工作中心等直属事业单位。设有市纪委监委派驻(出)纪检监察机构。
内设机构及职责简介
办公室：负责机关日常运转工作;筹备组织重要会议、活动；组织起草佳木斯市纪委监委有关文件文稿；督促检查有关工作部署的落实情况等。
组织部：负责全市纪检监察系统领导班子建设、干部队伍建设和组织建设的综合规划、政策研究、制度建设和业务指导；根据干部管理权限承办有关干部人事工作；组织和指导纪检监察系统干部教育培训工作等。
宣传部：负责组织协调全面从严治党、党风廉政建设和反腐败宣传教育以及廉洁文化建设工作；归口管理机关承担宣传教育职责的单位；负责机关的新闻事务和有关网络信息工作等。
政策法规研究室：负责综合分析全面从严治党、党风廉政建设和反腐败工作情况，开展政策理论及重大课题调查研究；起草重要文件文稿；负责提出纪检监察法规制度建设规划、计划的建议；起草、修改纪检监察规定制度；负责纪检监察法规制度的咨询答复、编纂等。
党风政风监督室(市委党风廉政建设领导小组办公室)：负责综合协调贯彻执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规等情况的监督检查；综合协调党的政治纪律和政治规矩执行、贯彻落实中央八项规定精神、纠正“四风”工作、整治群众身边和扶贫领域的腐败和作风问题；综合协调党内监督、问责等方面工作等。
信访室：负责受理对党的组织、党员和监察对象违反党纪、职务违法、职务犯罪行为的检举、控告，受理不服党纪政务处分和其他处理的申诉，处理群众来信、接待群众来访、接听举报电话、处理网络举报;综合分析信访举报情况等。
案件监督管理室：负责对监督检查、审查调查工作全过程进行监督管理，履行线索管理、组织协调、监督检查、督促办理、统计分析等职责；统一受理有关单位移交的相关问题线索以及下级纪检监察机关线索处置和案件查办报告；归口管理审查调查有关协调事项；对调查措施使用进行监督管理，监督检查纪检监察机关依纪依法安全办案情况等。
第一、二、三、四、五、六监督检查室：主要履行依纪依法监督的职责。按照干部管理权限，对联系地区和部门的党组织、党员和行使公权力的公职人员开展日常监督。
第七、八、九、十、十一、十二审查调查室：主要履行执纪审查和依法调查处置的职责。承办涉嫌严重违纪或者职务违法、职务犯罪问题线索的初步核实和立案审查调查，以及其他比较重要或者复杂案件的初步核实、审查调查，并提出处理建议等。
案件审理室：负责审理佳木斯市纪委监委机关直接检查处理和县(市)区党委(党组)、政府(部门、单位)报批或备案的案件；审理需要呈报省委、省委有关部门和市委审批的案件；承办党员、监察对象对市纪委监委机关作出的党纪、政务处分或其他处理不服的申诉案件等。
纪检监察干部监督室：负责监督检查全市纪检监察系统干部遵守和执行党的章程和其他党内法规，遵守和执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规等方面的情况；受理对有关纪检监察领导干部涉嫌违反党纪、职务违法和职务犯罪等问题的举报，提出处置意见并负责问题线索初步核实及立案审查调查工作等。
信息技术保障室：收集各类信息数据，运用信息化管理党风廉政建设责任制廉政档案等。
机关党委：负责机关党的建设、作风建设等工作。